Манастирът е трудно достъпен, намира се в склоновете на Плана планина, на 8 км северно от с. Алино, Самоковско и до него се стига по черен път, пеша или с джип, ако времето позволява.
За ранната история на манастира не разполагаме с исторически извори. Църквата е изписана през 1626 г., което е споменато в ктиторския надпис в наоса на храма. Дарителите са от с. Алино и някои от имената им са известни от надписа: поп Златан, поп Стойчо, поп Вълко, йеромонах Елисей. Село Алино се споменава в турски документи от края на XVI в., но засега няма открити сведения от същия период, които да свидетелстват за съществуването на манастира.
Храмът е малък, с размери около 8,0 х 4,0 метра и представлява еднокорабна, едноапсидна сграда с полуцилиндричен свод, без притвор. Онова което я отличава от подобните й, издигани по нашите земи през ХVII в. църкви, е певницата от северната страна и архитектурното оформление на западната фасада, напомнящо анти. Църквата е била част от манастирски ансамбъл. Западно от нея, на около 120 м, допреди десетина години можеха да бъдат различени руините на жилищна сграда, изградена значително по-късно от храма. Днес на това място има нова постройка.
Стенописите в храма датират от 1626 г., като в интериора на църквата има един живописен слой. Технологичните проучвания и сравнителният стилов анализ показват,че стенописите са изпълнени от един екип зографи, работили едновременно в различните части на наоса. По-късна живопис има в патронната ниша на западната фасада на храма; тя датира от 1850 г., за което свидетелства ктиторски надпис под изображението на Христос Вседържител.
В програмата на най-сакралните части на храма – свода и олтара, са представени множество догматични образи на Христос. Върху свода са изобразени Христос Ветхий денми, обозначен като Саваот, Христос Емануил с епископски жезъл вместо с обичайния свитък в лявата ръка; Христос от композицията Възнесение е поместен в най-високата част на източната стена, над прозореца, като под него е изображението на Убруса, а Христос Ангел от Великия съвет е изписан непосредствено над апсидата. В конхата на апсидата виждаме Богородица Ширшая небес с ангели от двете ѝ страни, както и Причастие на апостолите и Поклонение на жертвата. Програмата на олтара се допълва от Благовещение и Гостоприемството на Авраам. Освен сцените по Великите празници и Страстите Христови, в наоса са представени и няколко композиции, свързани с чудесата на Христос след Възкресението: Преполовение, Христос изцелява слепи и Христос изгаря плява на гумното на южната стена, както и Сватбата в Кана Галилейска на северната стена. Към фигурите на св. отци на Църквата, светците войни и лечители, съставителите на стенописната програма на алинския храм са включили и балканските преподобни св. Йоан Рилски, св. Йоаким Осоговски, св. Прохор Пшински.
Кирилски и гръцки.
Македонската изследователка Миряна Машнич посочва в своя публикация, че една част от стенописите в църквата на Алинския манастир са изработени от зографа, създал декорацията в църквата „Св. Петка“ в с. Селник, Делчевско, на територията на РСеверна Македония, която датира от приблизително същото време. Тази атрибуция е убедителна и сравнението между двата паметника, стиловите сходства, както и аналогиите при епиграфския материал потвърждават това становище.
Върху стенописите в алинската църква са работили двама водещи майстора и техни помощници. В олтара и в пространството до певницата на северната стена и до прозореца на южната, е работил един зограф, докато стенописите от западната част на храма са дело на друг. Именно майсторът от западната половина на наоса в алинската църква е изписал и стенописите в църквата „Св. Петка“ в с. Селник, вероятно скоро след като е работил в Алино. Неговото име е запазено фрагментарно в ктиторския надпис на църквата „Св. Петка“, в който изцяло се е съхранило само фамилното име Комнов, а собственото име вероятно е Йован.
Маргарита Куюмджиева
Енчев-Видю, Ив. Халинският манастир. – Известия на Българския археологически институт 4, 1926-1927, 288-291.
Божков, А. Стенописите в Добърско и Алинския манастир от ХVII век. – Изкуство 1966, 5, 18-29.
Флорева, Е. Алинските стенописи. С., 1983.
Прашков, Л. Е. Бакалова, Ст. Бояджиев, Манастирите в България. С., 1992, 201-203.
Машниќ, М. Црквата во Селник и неjзините паралели во сликарството на Алинскиот манастир св. Спас. – Културно наследство 17-18, 1990-1991, Скопjе, 1994, 101-124.
Куюмджиев А., Б. Пенкова, Г. Геров, Е. Бакалова, И. Ванев, И. Гергова, М. Куюмджиева, Ц. Кунева, Ю. Бойчева. Корпус на стенописите от XVII век в България. С., 2012 (автор на статията за паметника е М. Куюмджиева)
Василев, Ц. Текстовете на гръцки език от свитъците на пророци и светци в Алинския манастир „Св. Спас“. – Проблеми на изкуството, 3, 2014, 49–57.
Василев, Ц. Гръцкият език в църквите със смесени надписи от XVII век в България. С., 2017.