Манастирът е основан вероятно през XIV в. Възстановен е в кр. на XV и нач. на XVI в., когато, според ктиторския надпис, със средствата на митрополита на Лариса Дионисий († 1510) и екзарха на Стагон йеромонах Никанор (†1521) е построен католиконът.
Католиконът се състои от олтар, малък наос и сравнително просторен притвор. Големината и формата на помещенията са предопределени до голяма степен от скалата, върху която е издигнат манастира. Върху наоса се издига невисок сляп купол, почиващ върху четири арки, а притворът е покрит с дървен покрив.
Стенописите са изпълнени през 1527 г. по поръчка на йеродякон Киприан, споменат в ктиторския надпис, който не е известен от други извори. Същият вероятно е изобразен върху северната стена на олтара.
Автор на стенописите е критянинът Теофан Стрелицас-Батас.
Въпреки ограниченото пространство, освен обичайните теми и изображения, в олтара са намерили място композиции като тропара „Горе на трона и долу в гроба”, Пророк Йона в устата на кита, Жертва Авраамова. В купола е изобразен Христос Пантократор, под него – Божествената литургия, пророци и образите на евангелистите в пандантивите. В наоса в първия регистър преобладават светци воини във воинското им снаряжение. Пред олтара са разположени от юг патрона на манастира – св. Никола, а от север – св. Йоан Кръстител. Люнетите, образувани под арките, подкрепящи свода, както и ширините на арките, са заети от цикъл на Великите празници, допълнен от множество епизоди на Страстите Христови.
В притвора са изобразени Страшният съд, сцени на деянията и чудесата Христови, Успението на св. Никола, Успението на св. Ефрем Сирин, старозаветни епизоди, най-изтъкнати представители на монашеството и ктиторите на обителта Дионисий и Никанор в близост до образа на Богородица с Младенеца на трон и пророци.
Литература
Σοφιανός, Δ., Ε. Τσιγαρίδας. Άγια Μετέωρα. Ιερά μονή Αγίου Νικολάου Αναπαυσά Μετεώρων. Ιστορία –Τέχνη. Τρίκαλα, 2003.